Có một số giả thuyết giải thích về nguyên nhân gây viêm mũi dị ứng chủ yếu do phản ứng của cơ thể khi gặp vật lạ (dị nguyên) đối với cơ thể, ví dụ như bụi, phấn hoa, lông chó, mèo, bào tử nấm (nấm mốc)…
Dị vật mũi
Dị vật mũi không phải là hiếm, thường gặp ở trẻ nhoe 2-5 tuổi. Dị vật có thể gặp oẻ nhiều dạng: đồ chơi, thức ăn… ở ta thường gặp các hạt như hạt lạc, ngô, na…, nụ áo, cúc áo… do trẻ trong khi chơi nhét vào mũi, không lấy ra được và quên đi.
Cũng gặp dị vật do sặc thức ăn từ miệng qua lỗ mũi sau vào hốc mũi, bị mắc kẹt ở các khe mũi không ra được.
Chấn thương mũi
Thường gặp do tai nạn giao thông, cũng gặp do tai nạn lao động, thể thao như tay máy đập vào mặt, chơi xà, quyền anh.
Dị hình mũi
Dị hình mũi bao gồm: lệch hình vách ngăn, dị dạng mũi và tịt lỗ mũi là chính.
Dị hình mũi thường chỉ ảnh hưởng đến thẩm mỹ, ảnh hưởng đến chức năng nhưng có khi ảnh hưởng đến cả tính mạng ( như tịt lỗ mũi sau ở trẻ sơ sinh), đòi hỏi phải giải quyết ngay.